Codoni sinonimi
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Codoni sinonimi

Il ruolo e significato dei codoni sinonimi nel processo trascrizionale dell'informazione genica.

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Alcune proteine, per essere biologicamente attive, necessitano di modificazioni post trascrizionali. Per la codifica di ciascun aminoacido occorrono almeno 3 nucleotidi. La sequenza amminoacidica di una proteina è determinata da una sequenza lineare di triplette codificanti.
Il tRNA dispone di una estremità denominata anticodone in grado di leggere la sequenza dell'mRNA comunicando all'estremità opposta l'amminoacido possibile.

Vi possono essere più codoni che codificano per lo stesso amminoacido, in un processo noto come degenerazione del codice genetico. I codoni sinonimi hanno modificazioni solo nella base in terza posizione. Questo meccanismo limita gli effetti delle mutazioni. Addirittura Crick postulò che la terza base della maggior parte dei codoni si appaia in modo "libero" con la base corrispondente del proprio anticodone. La terza base contribuisce tuttavia alla specificità della codificazione, richiedendo tRNA diversi per le varie basi che possono costituire il medesimo amminoacido.
È da sottolineare come, in alcuni organismi o organelli cellulari, i codoni presentano significato diverso rispetto allo standard, ossia codificano per amminoacidi differenti. In alcuni mitocondri, ad esempio, il codone UGA, normalmente codone di terminazione, codifica per il triptofano, il codone AUA, normalmente codificante per l'isoleucina, codifica per la metionina ecc. Tali eccezioni sono comparse come mutazione rispetto al "codice standard".

Alcuni codoni sono preferiti ad altri. Questo accade per i codoni che, pur con modificazioni sulla terza base, codificano per lo stesso aminoacido. Tale preferenza ha ragioni lampanti nel fatto che, in questo modo, si limitano le possibili mutazioni casuali nella sequenza del DNA.